1遗传因素：对复发性口腔溃疡的单基因遗传、多基因遗传、遗传标记物和遗传物质的研究表明，复发性口腔溃疡的发病有遗传倾向。家族系谱分析法是单基因遗传病的重要诊断依据。
2系统性疾病因素：胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎、肝硬化、胆道疾病和消化道功能紊乱。有人对部分复发性口腔溃疡患者作胃镜检查，发现食管、胃、十二指肠存在与口腔溃疡相似的浅表性散在小溃疡。
3感染因素：病毒感染、细菌感染混合感染。
儿童经常患口腔溃疡原因除了以上的几点外，还有环境因素和营养因素。把握病因，做好防治工作。
4免疫因素
(1)细胞免疫异常：细胞免疫主要是指T淋巴细胞介导的免疫应答反应。临床的大量研究显示出复发性口腔溃疡前驱期病损区既有大量的T淋巴细胞侵润。溃疡前期T辅助细胞占多数，溃疡期T毒性细胞为主，愈合期又恢复到T辅助细胞为主。提示T淋巴细胞在复发性口腔溃疡中起重要作用。
(2)体液免疫异常和自身免疫：体液免疫是通过B淋巴细胞产生的特异性免疫球蛋白来实现的。自身免疫是抗体对来自自身抗原的一种应答反应。虽然在复发性口腔溃疡自身抗原的研究中有人用荧光法证实复发性口腔溃疡切片标本的棘细胞胞浆中存在自身抗原，但未能在口腔上皮中证实有抗原性结构改变。虽然目前还缺乏复发性口腔溃疡是自身免疫性疾病的有力证据，但口腔黏膜抗体的存在和血清中循环复合物、依赖抗体的杀伤细胞以及棘细胞胞浆中发现的自身抗体都说明体液免疫和自身免疫反应是复发性口腔溃疡发病的可能因素之一。/
(3)免疫功能低下和免疫缺陷。
有人证实复发性口腔溃疡患者的淋巴细胞对刀豆蛋白的反应在溃疡各个阶段都比正常人低下。用胸腺病毒作抗原刺激机体时，复发性口腔溃疡患者的刺激反应亦属低下。艾滋病感染的复发性口腔溃疡患者病情往往较重。说明复发性口腔溃疡可能与免疫功能低下或免疫缺陷有关。
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